愛媛県でシステム開発に使える補助金5選｜地元開発会社が解説

愛媛県の中小企業は、補助金の活用でシステム開発費の実質負担を1/2前後に抑えられます。 使える制度は国の4制度と、愛媛県・松山市の独自制度です。

この記事でわかること

• 愛媛県でシステム開発に使える補助金5つの比較表
• 会社の規模・目的別の選び方
• 実質負担がいくらになるかのモデルケース（計算の内訳つき）
• 申請でつまずきやすい注意点（申請支援の実体験ベース）

「求人を出しても人が来ない。せめて事務作業だけでも減らしたい」。愛媛県内の商談で、私たちが最もよく聞く悩みです。システム開発は人手不足への有効な打ち手ですが、ネックは費用。そこで使えるのが補助金です。

この記事を書いているのは、愛媛県大洲市のシステム開発会社・株式会社猛烈エンジニアリングです。開発の現場と申請支援の実体験をもとに、「実際に使える制度」だけを絞って解説します。

公募時期や要件は年度ごとに変わります。検討の際は必ず各公式サイトで最新情報を確認してください（本記事は2026年7月時点の情報です）。

愛媛県でシステム開発に使える補助金は5つ

システム開発費に使える主な制度は、国の4制度＋愛媛県・松山市の独自制度です。 まず全体像を表で確認してください。

制度	補助上限	補助率	向いている会社
中小企業省力化投資補助金（一般型）	最大1億円	1/2	人手不足の解消が目的の会社
デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）	450万円	1/2〜4/5	まず1業務から自動化したい会社
ものづくり補助金	750万〜4,000万円	原則1/2	基幹システムの刷新・大型開発
小規模事業者持続化補助金	50万〜250万円	2/3	従業員20名以下の小規模事業者
愛媛県の制度ページ・松山市の制度ページ	100万〜1,000万円	1/2〜	県内・市内の事業者

どれを選ぶかは「目的」と「投資規模」で決まります。1つずつ見ていきましょう。

人手不足の解消が目的なら省力化投資補助金

人が採れない状況への対策としてシステムを作るなら、第一候補は中小企業省力化投資補助金です。 制度の目的自体が「人手不足の解消」だからです。

• 一般型: 現場に合わせたオーダーメイドのシステム開発が対象。補助上限は最大1億円・補助率1/2
• カタログ注文型: カタログ掲載の既製品向け。オリジナル開発は対象外

受発注の自動化、在庫の見える化、配送計画づくりなど、現場に合わせた開発がそのまま対象になります。私たちが愛媛県内の食品物流企業と進めたAI物量予測とシフト最適化の開発も、この制度の趣旨に合致する典型例です。

ただし1つ、必ず確認してほしい点があります**。この制度には賃上げ計画の要件があり、達成できない場合の返還規定があります。**

私たちが支援した検討案件でも、この要件の重さを踏まえて申請時期を見直した会社がありました。「補助率が高いから」だけで飛びつかず、5年先の給与計画まで見て判断してください。

まず1業務から自動化するならデジタル化・AI導入補助金

投資額350万円前後までの導入なら、デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）が使いやすい制度です。 2026年から生成AIツールが明示的に補助対象になり、クラウド利用料も最大2年分まで対象が広がりました。

• 補助上限: 通常枠450万円
• 補助率: 1/2〜4/5（小規模事業者は賃上げ要件の充足で上振れ）
• 対象例: AI-OCR、AIチャットボット、受発注・会計ソフト

紙とExcelの受発注をシステム化するような「最初の一歩」に向いています。金額が比較的小さいぶん、スピード感を持って進めやすい制度です。

基幹システムの刷新ならものづくり補助金

年商数億円規模の会社が基幹システムを刷新するなら、ものづくり補助金が本命です。 システム構築費・外注費が補助対象で、上限は従業員規模に応じて750万〜4,000万円まであります。

例えば1,500万円の基幹システム刷新なら、1/2補助で実質負担は750万円という計算です。電話・FAX・Excelに分かれた業務の一元化と相性のよい制度です。卸売業の受発注管理システムを開発した事例が典型例にあたります。

小規模事業者は持続化補助金と地元の制度から

従業員20名以下の会社は、小規模事業者持続化補助金と愛媛の独自制度から検討してください。 金額は小さくても、申請の負担も比較的軽い制度群です。

• 小規模事業者持続化補助金: 上限50万円（特例で最大250万円）・補助率2/3。ホームページ制作や小さな業務改善に
• 松山市生産性向上デジタル化補助金: 上限100万円・補助率1/2（要件充足で2/3）。ソフトウェアや外注費が対象
• 愛媛県新技術開発プロジェクト支援事業: 新製品・新サービスの技術開発向け。ステージに応じて上限200万〜1,000万円（年度により変動）

市町村の補助金は年度ごとに中身が変わります。「今年は何があるか」はミラサポplusや各市町村のページで確認するか、地元の開発会社に聞いてください。私たちも愛媛県内の公募状況を日常的に追いかけています。

実質負担はいくらになるか（モデルケース）

補助金を使うと、システム開発の実質負担は投資額の3〜5割程度まで下がります。 実際の提案で使っている計算の型を3つ紹介します。

ケース	開発内容	費用	適用する制度	実質負担
製造業（従業員50名）	基幹システム刷新＋AI組込み	800万円	ものづくり補助金 1/2	400万円
建設業（従業員30名）	日報・現場写真・工程管理のシステム化	500万円	ものづくり補助金 1/2	250万円
サービス業（従業員15名）	予約管理・請求書の自動化＋AI研修	330万円	デジタル化・AI導入補助金＋人材開発支援助成金	約95万円

3つ目のケースだけ内訳を補足します。システム開発150万円には、デジタル化・AI導入補助金（補助率2/3適用）で100万円の補助が入ります。AI研修180万円には、研修費用向けの国の助成金である人材開発支援助成金（経費助成75%）で135万円。合わせて会社負担は約95万円という計算です。

保険代理店の顧客管理システムや、士業事務所の案件管理システムも同じ枠組みで対象になります。従業員10〜50名の会社であれば、上の表のケースがそのまま規模感の目安です。

ここがポイントです**。システム開発の補助金と、人を育てる研修の助成金は併用できます。** 「システムを作る」と「使いこなす人を育てる」をセットで設計すると、同じ予算でも投資効率が大きく変わります。

自社の場合はいくらになるか知りたい方は、無料で相談するからお問い合わせください。従業員10名規模の会社からの支援実績があります。

申請で失敗しないための注意点5つ

申請で最も多い失敗は、「後払い」と「賃上げ要件」の見落としです。 申請支援の実体験から、つまずきやすい順に5つ挙げます。

1. 補助金は後払いです。開発費はいったん全額立て替え、完了検査の後に入金されます。資金繰りは事前に金融機関へ相談してください
2. 採択は保証されません。採択率は制度や回次により3〜7割程度で変動します（各制度が公表する採択結果からの目安）。不採択でも困らない「両建て」の計画にしてください
3. 賃上げ要件を読み飛ばさない。省力化投資補助金などには賃上げ未達時の返還規定があります
4. スケジュールが制度に縛られます。交付決定（補助金の採択が正式に決まり、発注してよくなる通知）の前に発注した費用は対象外です。着手時期は公募スケジュールから逆算してください
5. 「必ず採択されます」と言う業者を信用しない。制度の建て付け上、採択の約束はあり得ません

私たちは提案時に必ず「補助金なしでも成立する構成」と「補助金ありの構成」の2案を出します。補助金はあくまで負担を軽くする道具。事業に効くシステムかどうかが先です。

補助金とシステム開発を並走させる進め方

申請準備と開発の設計は、同時に進めるのが最短ルートです。 事業計画書に書く「導入効果」は、システムの要件定義そのものだからです。

進め方の目安は次の3ステップになります。

1. 現状整理（2〜4週間）: どの業務の何を解決するかを言語化します。ここが計画書の核。迷ったらこの段階で無料相談を使ってください。一緒に言語化するところから始められます
2. 制度選定と申請準備（1〜2ヶ月）: 目的と規模に合う制度を選び、事業計画書を作成。ここは開発会社と一緒に進められる工程です
3. 交付決定後に開発着手（3〜6ヶ月）: 決定前の発注は補助対象外のため、開発はここから始めます

準備しておくと話が早い資料は3つあります。直近の決算書、従業員数がわかる資料、そして「どの業務に困っているか」のメモです。きれいな資料である必要はありません。手書きの業務フローでも十分です。

愛媛県内であれば、商談から採択後の実績報告まで顔を合わせて進められます。距離の近さは、書類だけでは伝わらない現場の実態を計画書に落とし込むうえで効いてきます。私たちも2026年の愛媛県収益力強化補助金では、県内企業の申請づくりを現場で支援しました。

まとめ：補助金は人手不足対策の追い風に使う

愛媛県でシステム開発に使える補助金は5つあります**。省力化投資補助金・デジタル化AI導入補助金・ものづくり補助金・持続化補助金、そして愛媛県・松山市の独自制度**です。選び方は目的と投資規模の2軸。そして補助金は、人を単純作業から解放し、今の人数のまま会社を伸ばすための追い風です。

作って終わりではなく、導入後も業務に合わせてシステムを育てていくことまで含めて設計すると、投資の価値は長持ちします。「うちの場合はどの制度が使えるか」を知りたい方は、無料で相談するからお気軽にどうぞ。愛媛の会社同士、顔を合わせてお話しできます。